Googe Chrome Frame の開発終了 が発表されました。2014 年 1 月以降はアップデートとサポートもおこなわれないそうです。
HTML に Chrome Frame 用のコードが残っていても、ただちに問題になるということはないと思いますが、これから新たに作るサイトに埋め込む理由はあまりないですし、公開しているサイトで手を入れることが可能なら修正しておくと良いと思います。
<!--[if lt IE 9]>
<p class="ie-prompt">お使いのブラウザはバージョンが古いため、サイトを快適にご利用いただけないかもしれません。<a href="http://browsehappy.com/">最新のブラウザにアップグレード</a> するか、<a href="http://www.google.com/chromeframe/?redirect=true">Google Chrome Frame をインストール</a> してください。<</p>
<![endif]-->
たとえばこのサイトではこのように、古い IE 向けに Chrome Frame のインストールを促すプロンプトを出していました。こういった場合、Chrome Frame へのリンクを消し、代わりに Browse Happy や What Browsers? などに誘導すると良いでしょう。
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge,chrome=1">
また、このように X-UA-Compatible に Chrome Frame を有効にする指定がある場合は、chrome=1 パラメーターを削除します。
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">